机巧魔神第一季故事讲述的是升上高中之后就开始独自生活的主人公夏目智春。他在3年前被自称为守护灵的美少女水无神操绪附身。智春搬到了兄长夏目直贵曾经生活过的住宅“鸣樱宅”的那天，那里来了两个美女。当中一个黑衣美女名为黑崎朱理，来樱宅邸的原因是受直贵所托送上银色的手提箱，而另一个巫女装束的美女名为嵩月奏，她是为抢夺手提箱而来的。以得到此手提箱为契机，智春得知了世界隐藏的真实－－神舍弃了人类，这个世界曾遭一次毁灭，借助“恶魔”之力再生为“第二度世界” 。从这天开始，被众多美女包围着的夏目智春的波澜万丈的人生展开了。